24. helmikuuta, vuonna 1999, kolme miestä tapasivat laulaja-kitaristi Markuksen kellarissa, Tallinnan esikaupungissa, Pääskülan rämeen reunalla. Yksi heistä osasi hieman kitaraa vinguttaa, toinen tunsi jonkun, joka varsinaisesti soitti myös rumpuja, ja kolmannelta kirposi kielen päältä hevibändille jetsulleen sopiva alkukantainen nimi - Metsatöll. „Metsatöll“ on muinainen vironkielinen murresana, joka tarkoittaa sutta. Sanoista teoiksi - parin päivän päästä luotiin neljä-viisi kappaletta ja joitain kuukausia myöhemmin oli lauluja vuoltu jo levyllinen. Demoalbumi „Terast mis hangund me hinge“ ilmestyi vuoden 1999 syksyllä. Pian sen jälkeen yhtyeeseen liittyi Lauri, joka toi mukanaan toisen kitaran lisäksi säkkipillin, kanteleet ja pillit.

Vuoden 2001 alussa bändi vaihtoi alkuperäisen basistin Kuriraivoon. Vuotta myöhemmin julkaistiin single ja video kappaleesta „Hundi loomine“.

Metsatöllin nykyinen kokoonpano muodostui vuonna 2004 Atson ottaessa rumpukapulat käsiinsä. Samana vuonna ilmestyi albumi "Hiiekoda", joka monisatakertaisti bändin kannattajat, rikkoi kaikki senaikaiset Viron raskaan musiikin myyntiennätykset, sekä toi Metsatöllille vuoden 2005 Viron Musiikkipalkintoja jaettaessa vuoden metalliartistin tittelin.

Vuonna 2006 saman palkinnon nappasi albumi „Terast mis hangund me hinge 10218“*, eli demolevy uudelleenäänitettynä ja täydennettynä versiona. Albumin esittelykonsertin tiimoilta taltioitiin DVD „Lahinguväljal näeme, raisk!“, joka nappasi vuoden DVD:n tittelin vuonna 2006. Samana vuonna toivat Metsatöll ja Eesti Rahvusmeeskoor (Viron Kansallinen Mieskuoro) lavalle Veljo Tormiksen suurteoksen „Raua needmine“. Piritan luostarin raunioissa pidetyistä konserteista julkaisiin Virossa ja Saksassa DVD.

Vuonna 2008 helmikuussa ilmestynyt Metsatöllin kolmas albumi, „Iivakivi“, toi bändille jo tutuksi tulleen vuoden metalliartistin tittelin Viron Musiikkipalkintoja jaettaessa. Saman vuonna Metsatöll solmi levytyssopimuksen Universalin Suomen tytärfirman, Spinefarm Recordsin kanssa.

Bändin 10-vuotissyntymäpäivän kunniaksi ilmestyi 2DVD/CD "Kõva Kont" (2009), joka on Metsatöllin osalta viimeinen omakustanteinen julkaisu. Yli viisi tuntia katsottavaa ja kuunneltavaa vuosilta 2000-2008 antavat perusteellisen läpileikkauksen yhtyeen historiasta - aina kellarissa taltioiduista treeneistä ja ensimmäisistä konserteista, joissa olivat paikalla vain fanit, päättyen Rabarock-festivaalin esiintymisiin, jossa bändin kanssa lauloi stadionillinen ihmisiä, sekä "Märkamisaeg" -konserttiin, jossa esiinnyttiin yli 100 000 -päiselle yleisölle.
Vuonna 2009 syksyllä Metsatöll teki Ensiferumin (FIN) kanssa Euroopan kiertueen, jossa tehtiin 31 konserttia 11 maassa. Nyt yhtyeellä on takanaan yli 250 keikkaa Euroopassa ja Amerikassa, sekä yli 30 000 myytyä levyä.
15. tammikuuta, vuonna 2010 ilmestyi nettisingle ja video „Vaid vaprust“, joka oli ensimmäinen lohkaisu 3. maaliskuuta päivänvalon nähneeltä Metsatöllin neljänneltä levyltä „Äio“. Koko albumin musiikki ja sanat löysivät oman muotonsa Etelä-Viron Harglan kylässä sijaitsevan tilan eristyneisyydessä. Se sai luomistyön hengittämään tavalla, jollaista ei olisi ollut miesten omin sanoin mahdollista saavuttaa suuressa kaupungissa. „Äio“ äänitettiin Suomessa Finnvox- ja Virossa Sinusoidi-studiossa. Albumin miksasi legendaarinen tuottaja ja äänimies Mikko Karmila.